組織在固定之后內(nèi)部仍含有大量水分，石蠟作為最后的包埋介質(zhì)，而水不能與石蠟相互混合。所以先要利用乙醇作為脫水劑，將水從組織中*置換出來。但是乙醇對組織有明顯收縮作用，所以必須采用從高濃度到低濃度逐級升高的梯度乙醇來脫水。

脫水完畢的組織塊，常用二甲苯作為能與乙醇融合同時又能溶解石蠟的媒介劑，將乙醇從組織中置換出來，達到石蠟浸入組織的最終目的。此過程中，媒介劑進入組織內(nèi)其光折射指數(shù)接近于細胞蛋白的折光指數(shù)，使整個組織變得透亮，此過程稱為透明。

組織經(jīng)過脫水透明后，要在熔化的石蠟包埋劑里面浸漬，稱為浸蠟。一般需經(jīng)過2-3次浸蠟過程才能完成。

浸蠟后的組織塊和熔化石蠟固定稱為均一硬度易于切片的過程，即為包埋。